Il museo consta di due sezioni principali, Medicina e Fisica, ma conserva anche manoscritti, document di interesse giuridico e letterario e cimeli che docmentano tutta la storia dell' Università.
La Sezione di Medicina si articola in tre sale intitolate rispettivamente all' anatomista Antonio Scarpa, al patologo chirurgo Luigi Porta e all' istologo e patologo Camillo Golgi.
Nella sala Scarpa si raccolgono alcuni importanti preparati dell' antica collezione di anatomia dell' Università (iniziata nel 1772 da Giacomo Reizia) che divenne celebre proprio con Scarpa e fu accresciuta dai suoi successori, tra i quali Bartolomeo Panizza. L' attività di studio condotta a Pavia nel campo delle scienze matematiche, naturali e chimiche, è testimoniata da reperti relativi a scienziati come Vincenzo Brunacci,Lazzaro Spallanzani e Luigi Valentino Brugnatelli.
Nella sala Porta gran parte dei preparati anatomici riguarda il sistema circolatorio: ammirabili sono soprattutto le preparazioni ottenute associando tecniche di iniezione e di dissezione. Accanto a questo materiale sono conservati protocolli autografi e cartelle cliniche.
La sala Golgi accoglie preparati microscopici,documenti e strumenti dello scienziato premio Nobel per la medicina nel 1906. Nella stessa sala sono conservati anche reperti di altri medici e scienziati illustri.
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